Решение о строительстве в Кронштадте храма-памятника всем погибшим русским морякам было принято при праздновании 200-летия русского флота. 1 сент. 1902 св. о. Иоанн Кронштадтский отслужил молебен о начале строительства, 8 мая 1903 в присутствии Николая II состоялась закладка здания собора. Храм строился в 1902-1913 по проекту В. А. Косякова в византийском стиле и в плане повторяет собор св. Софии Константинопольской. Освящён 10 июня 1913, боковые приделы Иоанна Рыльского (1909) и Петропавловский (1920). Закрыт 14 окт. 1929, здание передано под кинотеатр, в 1939 в нём разместился Дом офицеров. В 1953-1954 проведены работы по реконструкции и приспособлению здания под зрительный зал гарнизонного военно-морского клуба, на хорах и галереях второго этажа с 1980 размещён филиал Центрального Военно-морского музея «Кронштадтская крепость». В нач. 1990-х в правой галерее первого этажа оборудовано помещение для проведения служб. В 2004 восстановлен крест на куполе, с 2007 действует часовня, обустроенная внутри собора. 20 нояб.2010 Патриарх Кирилл совершил первую службу в восстанавливаемом соборе.